Το τμήμα καλαθοσφαίρισης του Αμαρουσίου ιδρύθηκε το 1950 και είναι το βασικό τμήμα του συλλόγου. Είναι ένας από τους πρώτους συμμετέχοντες στο ελληνικό πρωτάθλημα μπάσκετ με πολύ καλές επιδόσεις ειδικά τις δεκαετία 1960 και 1970 όπου αγωνιζόταν και στις ευρωπαϊκές διοργανώσεις.
Τα επόμενα χρόνια όμως (1981-1997) το Μαρούσι δεν είχε ανάλογη πορεία και αγωνιζόταν στην Α2 και τη Β Εθνική.
Το 1998 με προπονητή το Νίκο Παύλου το Μαρούσι επανήρθε στην Α1 και την πρώτη περίοδο (1998-1999) εξασφάλισε τη συμμετοχή του στοΚύπελλο Κόρατς, έχοντας ένα κράμα έμπειρων και νέων παικτών με προπονητή τον Κώστα Πετρόπουλο και ηγέτες τους Τζον Κόρφα, Πιτ Παπαχρόνη, Έρικ Μικ, Χένρυ Τέρνερ.
Την περίοδο 1999-2000 τη θέση προπονητή ανέλαβε ο Βαγγέλης Αλεξανδρής και η ανοδική πορεία συνεχίστηκε με την κατακτηση της τρίτης θέσης στο φάιναλ φορ του κυπέλλου Ελλάδας.
Η μεγαλύτερη στιγμή της ιστορίας του Αμαρουσίου ήρθε το 2001 όταν με το Βαγγέλη Αλεξανδρή προπονητή και τους Τζίμι Ολιβερ, Ασράφ Αμάγια, Βασίλι Ευθύμοφ, Γιώργο Μασλαρινό, Σωτήρη Νικολαϊδη, Δημήτρη Μαρμαρινό, Αλέξη Φαλέκα, Βαγγέλη Βουρτζούμη, Δημήτρη Καραπλή κατέκτησε το Κύπελλο Σαπόρτα νικώντας τη γαλλική Σαλόν στον τελικό της Βαρσοβίας.
Την ίδια επιτυχία λίγο έλειψε να επαναλάβει τη σεζόν 2001-2002 όταν έφτασε στα ημιτελικά του κυπέλλου Κόρατς, ενώ στην Ελλάδα αγωνίστηκε στον τελικό του Κυπέλλου.
Τη σεζόν 2003-2004 και πάλι με τον Παναγιώτη Γιαννάκη στον πάγκο και ρεκόρ 21-5 κατέκτησε τη δεύτερη θέση στο πρωτάθλημα και έχασε στον τελικό της FIBA Europe League από την Ούνιξ Καζάν.
